Trả lời công văn số 375/CV-TCKT ngày 20/03/2006 của Công ty 28 – Bộ Quốc phòng về việc khấu trừ thuế GTGT tại Chi nhánh Hà Nội, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về thuế GTGT thì việc Chi nhánh tại Hà Nội trực thuộc Công ty 28 – Bộ Quốc phòng kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại Chi nhánh đối với các hóa đơn, chứng từ ghi mã số thuế của Công ty 28 là không đúng chế độ và phải loại ra khỏi số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.

Tuy nhiên, Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh là cơ quan thuế trực tiếp quản lý, theo dõi tình hình thu nộp Ngân sách Nhà nước của Công ty 28 đã có xác nhận những hóa đơn GTGT mua vào từ năm 2000 – 2003 với số tiền thuế là 46.133.333 đồng theo bảng kê đính kèm công văn số 375/CV-TCKT, Công ty 28 không kê khai khấu trừ thuế tại Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh. Vì vậy, để tạo điều kiện thuận lợi cho đơn vị trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, Tổng cục Thuế đồng ý cho Công ty 28 được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào nêu trên tại Cục thuế thành phố Hà Nội.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty 28 biết và liên hệ với Cục thuế thành phố Hà Nội để giải quyết./.