Điểm mới trong quản lý hoàn thuế GTGT theo Thông tư 99

Quy định cụ thể hơn về kinh phí hoàn thuế GTGT

Thông tư 150/2013/TT-BTC về hướng dẫn lập, quản lý và việc thực hiện hoàn thuế từ Quỹ hoàn thuế GTGT quy định dự toán hoàn thuế  GTGT được giao cho Cục trưởng Cục Thuế quản lý và chi hoàn thuế trong phạm vi dự toán.

Tuy nhiên theo quy định hiện hành tại Thông tư 99 thì kinh phí hoàn thuế GTGT được bố trí trong dự toán ngân sách hằng năm do Quốc hội quyết định và do Tổng cục trưởng Tổng cục thuế quản lý, điều hành chi hoàn thuế GTGT trong phạm vi dự toán ngân sách được giao. Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT để chi hoàn cho người nộp thuế theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Làm rõ nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT

Thông tư 99 chỉ ra được việc đánh giá rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế 21/2012/QH13; Thông tư 204/2015/TT-BTC.

Hoạt động quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:

• Phân loại hồ sơ giải quyết hoàn thuế bao gồm: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định tại Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế 21/2012/QH13, Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13; Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế sau đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao.
• Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế 21/2012/QH13, Khoản 4 Điều 41 Nghị định 83/2013/NĐ-CP: kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Công văn 3593/TCT-KK về việc triển khai và giới thiệu các nội dung mới của Thông tư 99 đánh giá Thông tư 204/2015/TT-BTC đã có hiệu lực thi hành nhưng chưa có quy định cụ thể để thực hiện. Nay Luật số 106/2016/QH13 quy định có tính pháp lý cao hơn, cụ thể hơn về áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT tại Luật quản lý thuế 21/2012/QH13.

Bổ sung hướng dẫn biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế trường hợp rủi ro cao về thuế

Trước đây, các nội dung về nghiệp vụ quản lý hoàn thuế được thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn của Bộ Tài chính.

Thông tư 99 hướng dẫn như sau:

• Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.
• Trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định thì cơ quan thuế được yêu cầu các cơ quan, tổ chức có liên quan cung cấp thông tin để có căn cứ giải quyết hoàn thuế GTGT.
• Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

Xác định thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT

Thông tư 99 quy định rõ thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT bao gồm 02 mô hình phân cấp, cụ thể:

• Đối với 4 tỉnh, thành phố (Hà Nội, Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai):
  • Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (Cục thuế, Chi cục Thuế)  thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế GTGT được hoàn của người nộp thuế; đề xuất số tiền được hoàn thuế. Riêng Chi cục thuế, sau khi hoàn thành các công việc nêu trên chuyển hồ sơ về Cục thuế.
  • Cục thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế, ban hành quyết định hoàn thuế, thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.
• Đối với 59 tỉnh, thành phố còn lại: Cục thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế bao gồm cả người nộp thuế do Chi cục thuế quản lý trực tiếp.