Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 4594/CT-KTr2 ngày 02/8/2011 của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa đề nghị hướng dẫn xử lý khấu trừ, hoàn thuế GTGT qua kiểm tra sau hoàn thuế tại Công ty cổ phần Sông Cầu. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm b khoản 2 Mục A Phần II Thông tư số 74/2005/TT-BTC ngày 07/9/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ tài chính và thủ tục hải quan áp dụng tại Khu kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo quy định về thuế giá trị gia tăng như sau: “Hàng hóa, dịch vụ từ nội địa Việt Nam xuất vào KKT-TMĐB Lao Bảo được hưởng thuế suất thuế giá trị gia tăng là 0%. Việc hoàn thuế giá trị gia tăng thực hiện theo các quy định của pháp luật hiện hành.”

Tại điểm 1.2(b) Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng quy định trường hợp hóa đơn ghi sai mức thuế suất thuế GTGT mà các cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau: “Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hóa, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua vào cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT; Trường hợp xác định được bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn thì được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn thấp hơn thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn.”

Theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa tại công văn số 4594/CT-KTr2 nêu trên, Cục Thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế tại Công ty cổ phần Sông Cầu (trụ sở tại số 50B Nguyễn Thị Minh Khai, phường Tân Lập, thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa). Công ty đang thực hiện dự án đầu tư Thủy điện Hạ Rào Quán thuộc xã Tân Hợp, huyện Hướng Hóa, tỉnh Quảng Trị (theo Giấy chứng nhận đầu tư số 30221000016 ngày 20/12/2006 do Ban quản lý Khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo cấp) và không thành lập đơn vị trực thuộc hay pháp nhân khác để thực hiện dự án này.

Căn cứ các quy định về thuế hiện hành, trường hợp của Công ty cổ phần Sông Cầu trong thời gian từ năm 2008 đến tháng 9/2010 có phát sinh các hóa đơn GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ và các hóa đơn GTGT của nhà thầu xây dựng xuất cho công ty phục vụ cho công trình xây dựng Thủy điện Hạ Rào Quán, trên hóa đơn ghi tên Công ty cổ phần Sông Cầu, có địa chỉ tại tỉnh Khánh Hòa, nhưng có hóa đơn ghi thuế suất thuế GTGT là 0%, có hóa đơn ghi thuế suất thuế GTGT là 5% hoặc 10% theo từng loại hàng hóa, dịch vụ đã cung ứng. Như vậy, theo quy định về thuế hiện hành, đối với hóa đơn GTGT đầu vào của doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ có thuế suất thuế GTGT cao hơn mức thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì cơ quan thuế quản lý bên mua thực hiện xác minh hóa đơn của bên bán, xác định bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn GTGT thì cơ quan thuế quản lý bên mua thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý bên bán.

Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa có trách nhiệm kiểm tra, xác minh các hóa đơn GTGT đầu vào của Công ty cổ phần Sông Cầu phục vụ cho công trình xây dựng Thủy điện Hạ Rào Quán để doanh nghiệp được khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đảm bảo về điều kiện khấu trừ thuế theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa biết, thực hiện./.